對號列車
| 【西部幹線】 臺北=臺中=高雄 臺北=沙鹿=高雄 | 【東部幹線】 臺北=宜蘭=花蓮 | 【南迴線】 高雄=臺東=花蓮 | 【東部幹線】 臺北=花蓮=臺東 | |
|---|---|---|---|---|
| 自強號 | 1XX | 2XX | 3XX | 4XX |
| （跨線）↳ | 16X：途經南迴線 17X、18X：途經北迴線 | 27X、28X： 途經樹林以南 | 37X、38X： 途經新左營以北 | 47X： 途經樹林以南 |
| 莒光號 | 5XX | – | 7XX | 6XX |
| （跨線）↳ | 55X | – | – | 65X |
非對號列車（區間車、區間快車）
| 幹線 | 區間 | 區間快車 | 區間車 | 深夜加班車 |
|---|---|---|---|---|
| 西部幹線 | 基隆=新竹=苗栗 | 10XX | 11XX、12XX | 13XX、14XX |
| ↳ | 六家線 | – | 17XX | – |
| ↳ | 內灣線 | – | 18XX | – |
| ↳ | 基隆=北湖=嘉義（山線） | 20XX | 21XX、22XX | 24XX |
| ↳ | 海線 | （同上） | 25XX | – |
| ↳ | 成追線 | – | 26XX | – |
| ↳ | 集集線 | – | (目前停開) | – |
| ↳ | 集集線（臨時：二水=濁水） | – | 29XX | – |
| ↳ | 后里=嘉義=潮州 | 30XX | 31XX、32XX | 36XX |
| ↳ | 沙崙線 | 38XX | 37XX | – |
| ↳ | 屏東線 | 30XX | 33XX、34XX | – |
| 南迴線 | – | （同上） | 33XX | – |
| 東部幹線 | 宜蘭線、北迴線 | 40XX | 41XX、42XX | 44XX |
| ↳ | 臺東線 | （同上） | 45XX | – |
| ↳ | 平溪線（八堵=瑞芳=菁桐） | – | 47XX | – |
| ↳ | 深澳線+平溪線（臨時：海科館=菁桐） | – | 48XX | – |
加班車與特殊列車
| 車種 | 細項 | 車次 |
|---|---|---|
| 環島之星列車 | 商務莒光編組 | 1、2 |
| ↳ | ||
| 團體優先列車 | 自強編組 | 2X |
| ↳ | ||
| 加班車 | 西部幹線 對號車 | 51XX |
| ↳ | 東部幹線 對號車 | 52XX |
| ↳ | 南迴線 對號車 | 53XX |
| ↳ | 非對號列車 | 54XX |
| 郵輪列車 | – | 58XX |
| ↳ | 藍皮解憂號 | 589X |
| ↳ | 鳴日號 | 60XX |
| 專車（貸切） | 自強編組 | 61XX |
| ↳ | 莒光編組 | 62XX |
| ↳ | 區間車編組 | 63XX |
| ↳ | 經南迴線（不分編組） | 64XX |
| ↳ | 兩鐵莒光編組 | 65XX |
| ↳ | 慧燈中學專車 | 661X、662X |
| 郵輪列車 | 海風號 | 662X、663X、664X |
| ↳ | – | 67XX |
| 特種列車 | 入伍專車、軍事貨列 | 68XX |
| （目前停開） | ||
| 貨物列車 | – | 7XXX |
| ↳ | 西部幹線 | 70XX、71XX、72XX |
| ↳ | 宜蘭線、北迴線 | 73XX、74XX、75XX |
| ↳ | 臺東線、南迴線 | 76XX、77XX、78XX |
| 試運轉、回送、臨時加開列車 | – | 8XXX |
| ↳ | – | 87XX |
| 工程車 | – | 9XXX |
- 請注意：上列車種所對應的車次並非絕對，可能會出現例外。